La justificación de los gastos de funcionamiento puede ser más problemática, ya que, como se ha señalado anteriormente, los donantes son reacios a hacer contribuciones significativas a los gastos generales institucionales fijos que, en su opinión, deberían cubrirse a través de los costos indirectos. Sin embargo, también reconocen que la gestión de un proyecto complejo puede consumir una gran proporción de los recursos de una organización, además de aumentar los costos, como las comunicaciones y los suministros de material. Las contribuciones al alquiler son más difíciles de justificar, excepto en los casos en que la contratación de personal específico para el proyecto suponga una ampliación física de la base operativa del beneficiario.